La grande majorité des habitats forestiers connus sur le territoire est d'intérêt communautaire, c’est-à-dire qu’ils sont rares à l’échelle européenne et méritent une protection. Le Parc national de forêts a donc une responsabilité dans leur conservation.
- Les hêtraies : Le territoire accueille l'ensemble du gradient des hêtraies sur sols calcaires : des hêtraies sèches, situées sur des coteaux orientés au sud, des hêtraies de plateau et des hêtraies froides, sur des pentes exposées au nord ou dans des combes étroites. La végétation de ces habitats présente des caractères méditerranéens (laîches, graminées, orchidées dont le Sabot de Vénus...) ou, à l’opposé, submontagnards.
- Les chênaies-frênaies de fond de combe : Les combes fraîches sont souvent des refuges pour une flore à caractère submontagnard voire d’une faune peu mobile (escargots par exemple). À long terme, certaines de ces combes sont aussi susceptibles de constituer un refuge pour le hêtre, qui apprécie les sols frais et l’atmosphère humide, face aux effets du changement climatique.
- Les aulnaies-frênaies : La présence de nombreux cours d'eau sur le territoire, en forêt, permet la présence d'aulnaies-frênaies, qui sont des habitats d’intérêt prioritaire et particulièrement menacés (état de conservation défavorable mauvais en France continentale).
- Les érablaies sur blocs rocheux et lapiaz : La présence du calcaire et le découpage du plateau permettent l'expression en forêt de milieux rocheux qui sont habituellement cantonnés aux espaces de montagne. Ce sont aussi des habitats d’intérêt prioritaire au niveau européen. Sur les versants très pentus de type falaise ou éboulis, ombragés, on trouve l’érablaie à scolopendre, qui est une érablaie submontagnarde. Sur les versants ensoleillés, on trouve la tiliaie sèche à Érable plane. Et parfois, sur les plateaux ou leurs rebords, on peut trouver la tiliaie-charmaie sur lapiaz, inféodée au plateau de Langres, et donc sur laquelle le Parc national a une importante responsabilité de préservation.
